Ermenilerin ruhani merkezi Sis’ten gönderilmişti ancak bu Osmanlı Devletinin önüne başka bir meselenin gelmesine neden oldu; Sovyetler Birliği denetimindeki Eçmiyadzin Katolikosluğu’nun etki alanını genişletmesi.

Bunun üzerine 10 Ağustos 1916’da Ermeni Katoligos ve Patrikliği Nizamnamesi yürürlüğe girdi. Yeni nizamnameyle Osmanlı topraklarında bulunan Kilikya Katolikosluğu ile İstanbul ve Kudüs patrikhaneleri birleştirilip, ruhani yetki alanı Osmanlı toprakları olarak çizildi ve Eçmiyadzin Katolikosluğu ile ilişki kurulması yasaklandı. Bu yeni yapının başındaki kişi ‘katolikos-patrik’ olarak adlandırıldı ve bu görev Kilikya Katolikosu II. Sahak’a verildi.

Sultan Mehmet Reşat’ın 19 temmuz 1916 tarihli İrade-i Seniyyesi ile yürürlüğe giren bu nizamname 39 maddeden oluşuyordu. Otuz yedinci maddesi ile 1863 nizamnamesi yürürlükten kaldırıldı.

Mukaddimede yer alan birinci madde ile; Sis ve Ahtamar Katoligoslukları birleştirilmiş, İstanbul ve Kudüs Patriklikleri bu katoligosluğa bağlandı. Eçmiyadzin Katoligosluğu ile bütün ilişkiler kesildi. Katoligosluğun ikametgahı Kudüs’te bulunan Mar Yakub Manastırı oldu.

Bu nizamname dönemin bir gereği olarak düşünülüp, yürürlüğe konmuştu. Bunda amaç Rusya’nın elinde bulunan Eçmiyadzin Katoligosluğu’nun Osmanlı Ermenileri ve kilise merkezleri üzerine tesirini engellemekti.

Fakat, bu nizamname uygulanamadı. 30 Ekim 1918’de Osmanlı’nın İtilaf devletleriyle Mondros Ateşkes Anılaşması’nı imzalaması ve İstanbul’un bu güçlerin eline geçmesi üzerine, yeni kurulan hükümetin ilk işi 21 Kasım 1918’de, 1916 Nizamnamesi’ni kaldırarak, 1863 tarihli Ermeni Milleti Nizamnamesi’ni yeniden uygulamaya koymak oldu.

Birinci Dünya Savaşı’nda Osmanlı’nın yenilgisi ile beraber, Fransızlar Kilikya’ya hâkim oldu. Yeni Osmanlı yasa ve düzenlemeleriyle Ermenilerin yerlerine dönmesi ve mülklerinin iadesi kabul edildi. Kilikya Katolikosluğu da Ayasofya Manastırını ve diğer mülklerinin iadesini talep etti.

15 Ekim 1918 tarihli bir belgede Sis Katolikosluğu’na ait manastırın tahliye edilerek cemaate iade edildiği bildiriliyordu. Ermeniler, bağımsız bir ‘Kilikya Ermeni Devleti’ fikriyle Fransızların asker çıkarttığı Kilikya’ya dönmeye başladılar.

1. Sahak da 20 Eylül 1919’da Adana’ya, oradan da Sis’teki makamına döndü. Osmanlı Dahiliye Nezareti daha önce satılmış olan kilise objelerinin de, satıldığı yerden geri alınarak katolikosluğa iadesini emretti.

Mülklerine el konmuş Ermeniler, Fransız İdaresinden bu meseleyi çözmesini bekliyorlardı. Nisan-Haziran 1919 döneminde, Kilikya Valisi Albay Bremond üç kararname yayınlayarak el konmuş Ermeni mülklerinin geri verilmesini istedi.

* * *

Yunan ordusunun giderek başarısızlığa uğraması ve Fransa’nın Suriye’de tutunabilmek için Ankara ile çatışmamak gerektiğini düşünmeye başlamasıyla, Ermeniler açısından işler tersine döndü. 1921 yılına gelindiğinde Fransa bölgeyi terk etme kararı verdi. Fransızlar 31 Mayıs 1921’de, Sis Ermenilerinden kenti boşaltmalarını istedi, 31 Temmuz’da da Ermenileri yanlarına alarak kasabayı tahliye ettiler.

Clair Price, 20 Ekim 1921 tarihli Türk-Fransız anlaşması sonrası, 65 bin Ermeni’nin güneye geçerek bölgeyi terk ettiğini yazar. Bunların bir kısmı Lübnan, Suriye ve Filistin’e giderken, bir kısmı da halen Fransa’nın yönetimindeki İskenderun Sancağına yönelir. Ocak 1922’ye gelindiğinde, 1939’da Türkiye’ye katılacak olan İskenderun sancağı (Hatay) hariç Kilikya’da sadece 600 Ermeni kalmıştı.

1915’te tehcire tabi tutulan Ermenilerin mallarına Emval-i Metruke Kanunu’na dayanarak el konulmuştu. Ankara hükümeti, 15 Nisan 1923 tarihli yasayla, emval-i metruke mevzuatının 1919’dan sonra firar edenlerin malları için de uygulanmasını sağladı. Böylece, 1915’te tehcir edilmiş ancak daha sonra bir şekilde dönmüş olanların hak iddia etmelerinin önünü kesmek hedeflendi.

Sahag II. Habayan 1921 yılında Katoligosluk makamını önce Adana, sonra da 25 Kasım 1921’de Halep’e taşıdı. Burada, Fransa manda otoriteleri Katoligos Sahak’ı, canlandırılan Katoligosluğun ruhani lideri olarak tanıdı. Yargı alanı Halep’le sınırlanan Katoligosluk 1929’da Kudüs Patrikliğini otoritesi altına aldı.

1929 yılında Beyrut’a beş kilometre uzaklıkta Antilyas Köyü’ne taşınma yeni bir dönemi başlattı. Kudüs Patrikliğinin de çalışmalarıyla Katoligosluğa bağlı Ermenilerin bir araya gelmelerine yardımcı oldu. Sahag II. Habayan, Katoligos vekili Güleseryan ve diğerlerinin gayretleriyle Katoligosluk yeniden oluşturuldu. 1930’da manastır, basımevi kuruldu, yeni piskoposluk ve rahiplik merkezleri organize edildi.

Bu dönemde Kilikya Katoligosluğu ya da Antilyas Katoligosluğu olarak anılan Sis Katoligosluğu’na Lübnan (Beyrut), Suriye (Şam, Halep) ve Kıbrıs (Lefkoşa) bağlıydı. 1956 yılında etki alanı genişleyerek Yunanistan (Atina), İran (Tebriz, Tahran, İsfahan), Kuzey Amerika (New York) ve Kuveyt’i de yetki alanına dahil etti.